Google Analyticsのトラッキングコード、bodyじゃなくてheadタグ内に追記するようになってたんですね。

コードを埋め込むには、

data/Smarty/templates/default/site_frame.tpl

の</head>手前に追記すると全てのページに反映されます。
テンプレートを変更している場合はdefaultの部分を使用しているテンプレートのディレクトリ名に置き換えて下さい。